Прошло 15 лет после загадочной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания... Землю атакуют "Ангелы", загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Единственное оружие на планете, способное им противостоять - роботы серии "Евангелион", созданные при помощи передовых биотехнологий.
Сюжет фильма продолжает «Evangelion: 1.01 You Are (Not) Alone». Во втором фильме добавляются два новых персонажа - Сикинами Аска Лэнгли, созданная на основе Аски Лэнгли Сорью из оригинального сериала, и новая героиня, Мари Илластриэс Макинами, отсутствовавшая в оригинальном произведении и ставшая пилотом Евы-05. Также, значительно большее чем в сериале время отводится развитию отношений между Рей и Синдзи. При этом сюжет сильно отклоняется от оригинального произведения. По сравнению с оригинальным произведением претерпевают изменения и характеры персонажей, и, в первую очередь, характер Аски.